উদ্দিনের বিরুদ্ধে ব্যাপক দুর্নীতি ও অনিয়মের অভিযোগ পাওয়া গেছে।
অভিযোগে জানা গেছে, সরকারী বিধি লংঘন করে অবৈধ পন্থায় হেমায়েত উদ্দিন ওই মাদ্রাসার সুপার পদে নিয়োগপ্রাপ্ত হয়ে শুরু করেন নিয়োগ বানিজ্য। দাখিল পরীক্ষায় প্রক্সি প্রথা চালুর মাধ্যমে অর্থ আদায় এবং উপবৃত্তির টাকা আত্মসাতের অভিযোগ রয়েছে তার বিরুদ্ধে। মাদ্রাসার গবনিং বর্ডির সদস্য মোঃ সেলিম খান, সাবেক সদস্য রিপন প্যাদাসহ স্থানীয়রা অভিযোগ করেন, সরকারী বিধি অনুযায়ী মাদ্রাসা সুপার পদে নিয়োগ লাভের জন্য শিক্ষাকতা পদে ১০ বছরের চাকুরীর অভিজ্ঞতা, দ্বিতীয় শ্রেনীতে কামিল পাশ হতে হবে। কোন পরীক্ষায় তৃতীয় বিভাগ গ্রহনযোগ্য নহে। অথচ হেমায়েত উদ্দিন সরকারী নিয়মানুযায়ী যোগ্যতা সম্পন্ন না হয়েও জালজালিয়াতির মাধ্যমে কামিল পাশের আগেই ১৯৯৫ সালে অবৈধভাবে ওই মাদ্রাসার সুপার পদে নিয়োগ পান। নিয়োগের প্রায় এক বছর পর পত্রিকায় নিয়োগ বিজ্ঞপ্তি প্রকাশ করা হয়। ১৯৯৬ সালে তৃতীয় বিভাগে তিনি কামিল ডিগ্রী লাভ করেন। হেমায়েত উদ্দিন দাখিল, আলিম ও ফাজিল পরীক্ষায় তৃতীয় বিভাগে উর্ত্তীন হন।
অভিযোগে আরো জানা গেছে, সুপার হেমায়েত উদ্দিন ২০০৭ সালে মাদ্রাসার সহকারী ক্লার্ক পদে চাকুরী দেয়ার প্রলোভন দেখিয়ে পূর্ব গরঙ্গল গ্রামের চাকুরী প্রার্থী জিয়াছমিন খানমের স্বামী মিজানুর রহমান খান ওরফে চাঁন মিয়ার কাছ থেকে ১ লক্ষ ১০ হাজার টাকা উৎকোচ গ্রহন করেন। পরবর্তীতে এরচেয়েও মোটা অংকের উৎকোচের বিনিময়ে ওইপদে অপরএক প্রার্থীকে চাকুরী দেয়া হয়।
এ ঘটনায় মিজানুর রহমান নলচিড়া ইউনিয়নের চেয়ারম্যান সেকান্দার আলী মৃধার কাছে অভিযোগ দায়ের করার পর এনিয়ে সালিশ বৈঠকও বসে। ওইসময় মাদ্রাসা সুপার হেমায়েত উদ্দিন ঘুষের টাকা ফেরত দিতে বাধ্য হন।
এছাড়াও মাদ্রাসা সুপার হেমায়েত উদ্দিনের বিরুদ্ধে ভূয়া সার্টিফিকেটের রমরমা বানিজ্যের অসংখ্য অভিযোগ রয়েছে। আর এ জন্য ২০০৮ সালে পূর্ব গরঙ্গল গ্রামের আউয়াল বেপারীর পুত্র জাহাঙ্গীর বেপারীকে ভূয়া অস্টম শ্রেনীর সার্টিফিকেট প্রদানের জন্য নলচিড়া ইউনিয়ন পরিষদের গ্রাম্য আদালতে সুপার হেমায়েত উদ্দিনকে ৫ হাজার টাকা জরিমানা করা হয়। সূত্রমতে, সুপার হেমায়েত উদ্দিন উপবৃত্তির টাকা বিতরনের নামে ভূয়া ছাত্রীদের নাম দিয়ে অসাধু কর্মকর্তাদের যোগসাজসে মোটা অংকের টাকা আত্মসাত করে আসছে। সম্প্রতি স্থানীয়রা মাদ্রাসা সুপারের বিরুদ্ধে উল্লেখিত অভিযোগ এনে বরিশাল দূর্নীতি দমন কমিশন, গৌরনদী উপজেলা নির্বাহী অফিসারসহ বিভিন্ন দপ্তরে লিখিত অভিযোগ পাঠিয়েছেন। অভিযোগ অস্বীকার করে মাদ্রাসা সুপার হেমায়েত উদ্দিন বলেন, যা কিছু করেছি, প্রতিষ্ঠানের স্বার্থেই করেছি। এতে ভুলক্রুটি থাকতে পারে।